Erstmals wurde die Forderung nach einem eigenen Gremium zur Vertretung von Frauengesundheitsinteressen in München auf der Gesundheitskonferenz „Macht Frau Gesundheit“ formuliert, die der Gesundheitsbeirat gemeinsam mit der Gleichstellungsstelle und dem damaligen Gesundheitsreferat im November 1996 veranstaltet hatte. Ein eigenes Gremium wurde als gesundheitspolitisches Signal für die Dringlichkeit einer geschlechterdifferenzierenden Betrachtung und Behandlung von Gesundheitsfragen verstanden.
Im April 1997 beschloss das Plenum des Gesundheitsbeirats die Einrichtung eines Fachausschusses „Frau und Gesundheit“. Die konstituierende Sitzung fand am 16.09.1997 unter Vorsitz von Dr. Babette Schneider statt.
Der Fachausschuss baute auf Entwicklungen und Erfahrungen von Frauengesundheitsprojekten und Frauengesundheitsexpertinnen in München auf. Unter Einbeziehung von Verbandsvertreter*innen sowie Wissenschaftler*innen befördert und praktiziert er die Vernetzung und den interdisziplinären Dialog im Münchner Gesundheitswesen zu Frauengesundheitsfragen und Gender Mainstreaming.
Im Oktober 2005 erfolgte die Umbenennung in „Arbeitskreis Frau und Gesundheit“. Die Leitung hat Marion Chenevas, Leitung der Abteilung Strategie und Grundsatz des Gesundheitsreferats (seit Nov. 2019), die stellvertretende Leitung hat Lena Schneck, Beratungsstelle für Natürliche Geburt und Elternsein e.V. (seit Nov. 2025).
